@b0228435a55922fd5d71a9afd44169 ダイレクトメッセージの通知を何度消しても、再読込すると復活する病 は、自己解決。

原因は。

同一鯖の複垢をいくつか登録していると。
たまに何らかの要因で。すべての複アカウントが主アカウントに上書きされてしまい、結果的に主アカウントが複数登録されている状態になったときに起きるようです。
バグったアカウントを消せば、通知を消すことが出来ました。